流感后期咳嗽可在医生指导下通过服用相关药物来治疗，具体用药取决于引发咳嗽的原因，不可随意用药以免影响恢复。具体如下：
一、抗病毒药物：流感是常见疾病，多在秋冬季节出现且具传染性，需及时用抗病毒药物，如奥司他韦胶囊、利巴韦林等。
1.奥司他韦胶囊：能有效对抗流感病毒。
2.利巴韦林：对多种病毒有抑制作用。
二、抗炎药物：流感病毒初期可能引发上呼吸道感染，若不及时治疗后期可能继发肺部细菌感染导致咳嗽，检查时可见白细胞、降钙素原偏高等情况，此时需在医生指导下用抗炎药物，如青霉素、头孢克肟分散片、阿奇霉素等。
1.青霉素：是常用的抗生素。
2.头孢克肟分散片：有较强的抗菌效果。
3.阿奇霉素：对多种细菌有作用。
三、止咳药物：对症止咳治疗常用川贝枇杷露、蛇胆川贝液、右美沙芬等。
1.川贝枇杷露：有润肺止咳等功效。
2.蛇胆川贝液：可缓解咳嗽症状。
3.右美沙芬：是常用的止咳药。
治疗期间要做好个人卫生，勤洗手、多通风。饮食宜清淡、易消化，忌油腻、辛辣、刺激性食物，适当饮水，多吃新鲜蔬菜水果，以助病情恢复。总之，对于流感后期咳嗽，应根据具体情况合理选择药物治疗并做好相关护理。