头疼、失眠、入睡困难通常与以下疾病有关：
一、神经衰弱：这是在长期紧张和压力状态下，以脑和躯体功能衰弱为主要特征的一种心理疾病。主要表现为精神活动异常，入睡前和夜间兴奋症状会加重，进而影响睡眠，致使患者出现入睡困难、失眠的情况，同时还伴有头疼症状。其具体原因在于，长期精神紧张、心理压力过大等会导致大脑神经功能紊乱，引起神经衰弱。
二、抑郁症：和神经内分泌、神经免疫学、睡眠与脑电生理异常、脑影像学等因素相关。患者不仅有明显的情绪低落，还会有入睡困难、失眠的现象，部分患者会出现头痛、背痛等躯体任何部位的疼痛症状。抑郁症的发生可能与遗传因素、神经生化因素、心理社会因素等有关。
三、高血压：指血液在血管中流动时对血管壁造成的压力值持续高于正常的现象，与肾脏疾病、内分泌疾病、心血管病变、颅脑病变等多种因素有关。患者会出现头部胀痛、阵发性眩晕等症状，严重时会影响睡眠，导致入睡困难、失眠。高血压的形成原因较为复杂，可能与遗传、不良生活方式、年龄增长等有关。
四、血管性头痛：是由于头部血管舒缩功能障碍以及大脑皮层功能失调，或某些体液物质暂时性改变所引发的临床综合征，可能与天气过冷过热、劳累过度、抽烟酗酒等因素相关。患者会有明显的头疼，以及入睡困难、失眠等症状。
总之，当出现头疼、失眠、入睡困难等症状时，建议要及时就医，通过科学检查来确定病因，并严格遵循医嘱进行规范治疗，以免延误病情导致情况恶化。