目前并没有一种特定的“最好”的药物能完全消除所有卵巢囊肿，卵巢囊肿的治疗需根据囊肿性质、大小等因素综合判断。一般来说，生理性卵巢囊肿有自行消失的可能，通常无需药物特殊治疗；而对于病理性卵巢囊肿，常用药物有避孕药等，但药物治疗效果因个体差异而异。
生理性卵巢囊肿的情况
多数可自然消退：部分生理性卵巢囊肿，比如因月经周期变化产生的黄体囊肿等，有一定自行消失的几率，一般不需要特意用药物消除，定期复查超声观察其变化即可，有的可能在1 - 2个月经周期后自行缩小或消失。
病理性卵巢囊肿的药物干预
避孕药的作用
调节激素水平：对于一些因激素失调引起的卵巢囊肿，短效避孕药可能会有一定作用。它可以通过调节体内的激素分泌，抑制卵巢排卵等，从而在一定程度上控制囊肿的生长。不过，它不能保证完全消除囊肿，而且使用避孕药有一定的适用人群和禁忌证，比如有严重肝肾功能不全、有血栓病史等情况的人群不适合使用。
其他药物辅助
针对炎症相关囊肿：如果卵巢囊肿是由炎症引起的，可能会使用一些抗炎药物辅助治疗。但单纯靠药物消除囊肿往往效果有限，可能需要结合其他治疗手段，而且抗炎药物的使用也需要严格遵循医嘱，根据炎症的具体情况来选择合适的药物，比如抗生素类药物的使用需要先明确有无感染及感染的病原体类型等。
特殊人群用药注意
育龄女性需谨慎：育龄女性在考虑药物治疗卵巢囊肿时，要充分考虑自身的生育计划等情况。如果有备孕打算，使用某些药物可能会有影响，需要在医生的评估下权衡利弊。比如使用避孕药来控制卵巢囊肿时，要考虑停药后多久可以安全备孕等问题。中老年女性：中老年女性出现卵巢囊肿时，药物治疗不是首选的主要治疗方式，更多会根据囊肿的具体情况考虑手术等其他治疗手段，因为中老年女性卵巢囊肿发生恶变等情况的风险相对较高，药物往往不能从根本上解决问题。