卵巢囊肿目前并没有特定的药物能完全消除，不过可以根据囊肿性质等情况使用一些药物。一般来说，对于一些生理性囊肿可能会有变化，但对于病理性囊肿，药物治疗多是辅助或针对特定情况。
生理性囊肿相关情况
黄体囊肿：部分女性在月经周期中可能形成黄体囊肿，一般无需特殊用药，多数可在1 - 2个月经周期后自然消失。这类囊肿通常是由于黄体形成过程中出现异常导致，体积一般较小，多在5厘米以下。滤泡囊肿：多是卵泡发育异常形成的囊肿，也有自行消退的可能，一般观察即可，有的可能在数月内自行消失。
病理性囊肿药物辅助情况
炎症性囊肿：如果是因炎症引起的囊肿，可能会使用抗炎药物辅助治疗。比如盆腔炎性包块导致的类似囊肿样改变，可能会短期使用抗生素，像头孢类抗生素等，不过抗生素的使用需根据具体感染情况由医生判断，不能自行随意使用。子宫内膜异位囊肿：对于子宫内膜异位囊肿，可能会使用一些激素类药物来控制病情发展，比如口服避孕药，通过调节激素水平来抑制异位内膜的生长，但药物不能使囊肿完全消除，只能起到一定的控制作用，而且这类药物有一定的使用禁忌和副作用，需要在医生指导下使用。
特殊人群用药注意
育龄女性：如果是育龄期女性发现卵巢囊肿，使用药物时要特别注意药物对生殖功能等的影响，比如激素类药物可能会影响内分泌，进而影响排卵等，所以必须在医生评估下使用。哺乳期女性：哺乳期女性使用药物时要考虑药物是否会通过乳汁影响婴儿，所以用药更需谨慎，需告知医生自己处于哺乳期的情况，由医生选择相对安全的药物或调整治疗方案。