停经40多天B超未发现孕囊，通常是以下原因导致，包括胚胎发育不良、宫颈炎、异位妊娠、葡萄胎、流产等，需针对性处理。
一、胚胎发育不良：若停经40多天做B超时未发现孕囊，可能是胚胎发育不良致胚胎发育停止引起。这时需要进行HCG检测以明确诊断。如果妊娠囊已完全排出，一般无需特殊处理；若宫腔内有残留，则需进行清宫治疗。
二、宫颈炎：当患有妇科炎症时，可能影响正常月经周期，从而出现停经但无孕囊的情况。可到医院进行白带常规、腹部B超等检查。治疗上可配合医生采用保妇康栓、苦参凝胶、复方黄松洗液等药物。
三、异位妊娠：指孕囊着床不在子宫内，所以做B超看不到孕囊。随着孕囊发育，可能引发腹部疼痛以及阴道出血。可配合医生选择药物治疗，如甲氨蝶呤片、甲氨蝶呤注射液等，也可在医生指导下通过宫腔镜手术治疗。
四、葡萄胎：与遗传、营养不良等有关，患者会有相应症状。可在医生指导下通过清宫术、刮宫术等改善。
五、流产：因感染、撞击等导致流产后，孕囊会消失，同时患者还会有小腹疼痛、阴道异常流血等症状。应及时在医生指导下通过清宫术清除宫内组织。
总之，患者应先到医院检查，明确原因后进行对症治疗。