灰指甲治疗常用的药物有外用和口服的，一般外用药物起效相对慢些，口服抗真菌药起效相对快些。比如口服的伊曲康唑胶囊，通常采用冲击疗法，不过一般需要连续用药几个月。而外用的阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，大概需要连续使用几个月才能看到明显效果。
外用抗真菌药物
阿莫罗芬搽剂：它是局部外用的抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成来发挥作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲及周围皮肤上，每周使用1 - 2次。一般需要连续使用数月，比如3 - 6个月左右才能看到较好的效果。不过它对轻、中度的灰指甲有一定疗效，但对于严重的灰指甲，单独使用可能效果欠佳。环吡酮胺乳膏：同样是外用抗真菌药，能渗透进入真菌细胞，影响其细胞器和代谢过程。使用时涂抹在病甲上，一天使用1 - 2次。它的起效相对较慢，可能需要连续使用2 - 3个月甚至更久才能看到明显的改善，而且对于较厚的病甲，药物渗透可能受限。
口服抗真菌药物
伊曲康唑胶囊：属于口服的广谱抗真菌药，它可以抑制真菌细胞色素P450酶系统，从而影响真菌细胞膜合成。采用冲击疗法，即连续服用7天，停药21天为一个疗程，一般需要进行2 - 3个疗程。不过在用药前需要检查肝功能，因为它可能会对肝功能有一定影响，严重肝病患者禁用。它相对起效比外用药物快些，一般2 - 3个疗程后能看到病甲逐渐好转。特比萘芬片：也是口服抗真菌药，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。一般每天服用一次，连续服用的时间根据病情而定，比如指甲灰指甲可能需要连续服用6 - 12周，趾甲灰指甲可能需要连续服用12 - 16周。同样用药前要关注肝功能情况，有严重肝肾功能不全者要慎用。它的起效相对也比较快，能较快抑制真菌的生长繁殖。
综合治疗及注意事项
在治疗灰指甲时，除了选择合适的药物外，还需要注意保持足部或手部的清洁干燥，因为潮湿的环境容易滋生真菌，加重灰指甲的病情。比如要勤换鞋袜，穿透气性好的鞋子。同时，对于患有手足癣等其他部位真菌感染的情况，要一并治疗，防止交叉感染。另外，老年人或者有基础疾病的人群在使用口服抗真菌药物时更要谨慎，因为药物可能对身体的影响相对更大，需要在医生的严密监测下使用。儿童一般不建议口服抗真菌药物治疗灰指甲，因为儿童的肝肾功能发育还不完善，药物代谢可能存在问题，通常优先考虑外用药物等相对温和的方法，但也要在医生的指导下进行。