怀孕初期小便后纸上有褐色分泌物，提示有少量出血，其原因可能包括着床出血、先兆流产以及其他因素。
一、着床出血。如果月经尚未推迟或刚推迟，此时出现的少量褐色分泌物，多数是由于胚胎在子宫内膜着床而引发的少量出血现象。胚胎着床时，会侵袭子宫内膜，引起一些微小的血管破裂出血，这通常是正常的生理过程，出血量一般较少，可能仅表现为小便后纸上有淡淡的褐色痕迹，且往往不会伴有其他不适症状。
二、先兆流产。若同时伴有肚子疼痛、下坠感等情况，那么就很可能是先兆流产导致的出血。这时需要尽快前往医院进行B超和孕酮检查。B超可以帮助了解胚胎的发育情况，比如是否有胎心搏动、孕囊大小是否与孕周相符等；孕酮检查则能反映体内孕激素水平，对判断胚胎的状态有一定的参考价值。
三、其他原因。少量出血也可能是由其他原因引起，例如盆腔炎、泌尿系感染、结石等。对此也需要及时到医院进行相关检查以明确原因。盆腔炎可能会导致下腹坠胀、疼痛等症状，同时伴有异常出血；泌尿系感染除了出血外，还可能有尿频、尿急、尿痛等表现；结石则可能引起疼痛并伴有血尿等情况。
总之，怀孕初期出现小便后有褐色分泌物的情况，需要引起重视并及时就医，通过相关检查来明确具体原因，以便采取针对性的措施。