尿分叉的治疗需根据不同原因来定。如果是生理性尿分叉，一般无需特殊治疗。比如偶尔因憋尿后膀胱压力大，排尿时出现短暂尿分叉，排尿后就会恢复正常。
由炎症引起的尿分叉治疗
尿道炎导致的尿分叉： 如果是淋菌性尿道炎引起的尿分叉，可使用头孢曲松等抗生素治疗。一般来说，规范使用抗生素后，炎症得到控制，尿分叉情况会逐渐改善。前列腺炎引发的尿分叉： 细菌性前列腺炎导致的尿分叉，常用药物有左氧氟沙星等。通常需要持续用药一段时间，一般可能需要1 - 4周左右，具体根据病情严重程度而定。同时，患者要注意避免久坐、饮酒等加重前列腺充血的行为。
因结石导致的尿分叉治疗
尿道结石造成的尿分叉： 较小的尿道结石可以通过大量饮水，多运动，促进结石排出，一般每天饮水量需达到2000毫升以上，通过尿液冲刷可能将结石排出体外，从而改善尿分叉。膀胱结石引起的尿分叉： 如果膀胱结石较大，可能需要进行手术治疗，如经尿道膀胱结石碎石取石术等。术后要注意预防感染，按照医生要求进行恢复。
由前列腺增生导致的尿分叉治疗
对于症状较轻的前列腺增生患者，可以使用α受体阻滞剂，如坦索罗辛等，能松弛前列腺和膀胱颈部平滑肌，改善排尿困难，缓解尿分叉症状。而症状较重、药物治疗效果不佳的患者，可能需要考虑手术治疗，如经尿道前列腺电切术等。但手术有一定的适应人群和风险，需要医生综合评估患者情况后决定。