尿分叉的原因不同，治疗方式也不一样。如果是生理性尿分叉，一般不需要特殊治疗。比如男性长时间憋尿后，膀胱内压力大，排尿时可能出现暂时的尿分叉，排尿后通常就会恢复正常。
因炎症引起的治疗
尿道炎导致的尿分叉：如果是淋菌性尿道炎引起的尿分叉，可使用头孢曲松等抗生素治疗。非淋菌性尿道炎引起的尿分叉，常用药物有阿奇霉素等。一般需要连续用药1 - 2周左右，具体根据病情而定。前列腺炎导致的尿分叉：慢性细菌性前列腺炎引起的尿分叉，常用喹诺酮类抗生素如左氧氟沙星等。α受体阻滞剂也可缓解症状，如坦索罗辛，能松弛前列腺平滑肌，改善排尿困难。治疗周期可能较长，需数周甚至数月。
因结石引起的治疗
尿道结石导致的尿分叉：较小的尿道结石可通过多饮水，多排尿，有时能自行排出。如果结石较大，可能需要进行尿道镜下取石等手术治疗。一般小于6毫米的尿道结石有自行排出的可能，但要注意观察排尿情况。膀胱结石导致的尿分叉：膀胱结石较小的可通过膀胱镜取石或碎石治疗。较大的结石可能需要开放手术取石。对于一些患者，体外冲击波碎石也可尝试，但要根据结石的位置、大小等情况选择合适的方法。
因前列腺增生引起的治疗
药物治疗：常用的药物有α受体阻滞剂，如多沙唑嗪等，能松弛前列腺和膀胱颈部平滑肌，改善排尿症状。5α - 还原酶抑制剂如非那雄胺等，可缩小前列腺体积。一般需要长期用药，且要定期复查前列腺情况。手术治疗：对于药物治疗效果不佳，症状严重的前列腺增生患者，可考虑手术治疗，如经尿道前列腺电切术等。手术适用于中重度前列腺增生患者，术后需要一段时间恢复。