紧急避孕药是在无防护性生活或避孕失败后的补救措施，一般在同房后72小时内服用有效，但它的危害不能一概而论，不过频繁使用可能会带来一些问题。
对月经周期的影响
月经紊乱： 紧急避孕药含有大量孕激素，服用后可能会干扰正常的内分泌功能，导致月经周期改变。比如可能使月经提前或推迟，一般来说，约有10% - 20%的女性服用后会出现月经周期短暂的紊乱情况，但大多会在2 - 3个月经周期后逐渐恢复正常。长期影响： 偶尔一次服用紧急避孕药导致月经紊乱的情况相对可逆，但如果频繁使用，对月经周期的影响可能会更明显，甚至可能导致长期的月经不调。
对肠胃的刺激
恶心呕吐： 部分人服用紧急避孕药后会出现恶心、呕吐的症状，尤其是在空腹状态下服用时更容易发生。据统计，约有5% - 10%的人会出现较为明显的恶心呕吐反应，一般在服药后的1 - 2天内会有所缓解。肠胃不适持续： 少数人可能恶心呕吐的症状会持续时间稍长一些，但通常不会超过一周，如果长时间出现肠胃不适，就需要及时就医检查。
对身体激素水平的影响
激素失衡： 紧急避孕药会影响体内的雌激素和孕激素水平。短期内可能会使雌激素水平暂时升高，然后迅速下降，孕激素水平也会出现波动。长期频繁使用可能会导致体内激素长期处于不稳定状态，影响内分泌系统的正常功能。对生殖内分泌的潜在影响： 虽然单次服用紧急避孕药对生殖内分泌的长期潜在影响目前研究还没有发现有严重的不可逆损伤，但频繁干扰激素水平还是不利于生殖内分泌的稳定。比如可能会影响卵泡的正常发育等情况，但一般这种影响在停药后会逐渐恢复。
其他可能的不适
头晕乏力： 有些女性服用紧急避孕药后会出现头晕、乏力的症状，这可能是药物引起的身体反应之一，一般程度较轻，多在服药后的1 - 3天内缓解。乳房胀痛： 少数人还可能出现乳房胀痛的情况，这也是因为药物影响了体内激素水平导致的，大多会随着激素水平的恢复而逐渐消失。