三叉神经痛是一种常见的神经系统疾病，其发病原因较为复杂。目前认为，约有超过50%的三叉神经痛患者是由于三叉神经根部受到血管压迫引起的，尤其是小脑上动脉及其分支对三叉神经的压迫较为常见。
血管压迫因素
血管与神经的解剖关系：三叉神经从脑干部发出后，要经过一些血管的附近。正常情况下，血管和神经之间有脑脊液缓冲，彼此相安无事。但随着年龄增长，脑血管会发生一定程度的硬化，弹性变差，就可能压迫到三叉神经。比如，小脑上动脉在走行过程中，有可能靠近三叉神经，长期的压迫会使神经的正常传导发生紊乱，从而引发疼痛。
神经脱髓鞘改变
髓鞘的作用与脱失影响：三叉神经外周支在越过岩骨嵴时，是无髓鞘包裹的，这里就成为了薄弱区域。当受到各种因素刺激后，神经的髓鞘会发生脱失，这会导致神经冲动发生短路。打个比方，就像电线的绝缘皮破损，电流会相互干扰，神经的异常冲动传导就会引发剧烈的疼痛。
其他少见因素
肿瘤等病变影响：颅内的一些肿瘤，如胆脂瘤、脑膜瘤等，也可能压迫三叉神经引起疼痛。另外，三叉神经本身的炎症、多发性硬化等神经系统疾病，也有可能导致三叉神经痛的发生。不过，这些情况相对血管压迫和神经脱髓鞘改变来说比较少见，但也是引发三叉神经痛的原因之一。例如，多发性硬化是一种自身免疫性疾病，会影响神经系统的髓鞘，进而可能波及三叉神经导致疼痛发作。