脂肪瘤的病因目前尚不十分明确，一般认为可能与以下因素有关。首先，遗传因素有一定影响，有研究显示约10%的脂肪瘤患者有家族史，也就是说家族中有脂肪瘤患者的人，相对其他人患脂肪瘤的风险可能会高一些。
脂肪代谢异常相关
脂肪合成增加： 当人体自身的脂肪合成代谢出现紊乱时，体内脂肪细胞合成脂肪的速度加快，就可能导致脂肪细胞过度聚集形成脂肪瘤。比如长期高热量饮食，摄入过多如油炸食品、奶油蛋糕等富含高脂肪的食物，会促使身体合成更多脂肪，增加脂肪瘤发生几率。脂肪分解障碍： 若身体的脂肪分解酶活性降低或功能异常，会使得脂肪不能正常被分解代谢，脂肪就会在局部堆积，逐渐形成脂肪瘤。例如一些患有内分泌疾病的人，可能会出现脂肪分解障碍的情况，进而增加脂肪瘤发生风险。
慢性炎症刺激因素
长期炎症感染： 皮肤或皮下组织长期受到慢性炎症刺激，会影响脂肪细胞的正常代谢和生长。像皮肤反复出现的毛囊炎等炎症，长期刺激局部组织，可能会导致脂肪细胞异常增生形成脂肪瘤。据统计，有慢性皮肤炎症病史的人群中，脂肪瘤的发生率比无炎症病史人群高出约20%。创伤引起炎症： 局部受到创伤后，创伤部位在修复过程中可能会引发炎症反应，进而影响脂肪组织的正常状态，导致脂肪细胞异常聚集形成脂肪瘤。比如局部曾受过磕碰伤，在恢复过程中如果出现炎症，就可能增加脂肪瘤出现的可能性。
基因变异因素
抑癌基因失活： 人体存在一些抑癌基因，它们可以抑制细胞的异常增殖。当这些抑癌基因发生变异、失活时，就无法有效抑制脂肪细胞的异常增殖，从而导致脂肪瘤的形成。目前已经发现某些特定基因的突变与脂肪瘤的发生发展密切相关。原癌基因激活： 原癌基因在正常情况下对细胞的生长、分化等起着调控作用，但如果原癌基因被激活，使其功能异常增强，也会促使脂肪细胞过度增殖，进而形成脂肪瘤。一些研究表明原癌基因的激活在部分脂肪瘤患者体内可以被检测到。