反复长溃疡的原因有多种。一般来说，约40% - 50%的复发性口腔溃疡与遗传因素有关，如果家族中有多人反复长溃疡，那么自身患病风险会增加。
一、自身免疫因素
免疫系统异常： 当人体免疫系统出现紊乱时，会攻击自身组织，从而引发口腔溃疡。例如，患有白塞病的患者，除了口腔反复长溃疡外，还可能出现眼部、生殖器等部位的溃疡，这就是免疫系统异常导致的。免疫力低下： 长期熬夜、过度劳累、营养不良等情况会使人体免疫力下降，比如长期营养不良的人，体内缺乏维生素B2、维生素B12等，就容易反复长溃疡，一般维生素B2缺乏可能在1 - 3个月左右就会出现口腔黏膜病变相关症状。
二、局部创伤因素
口腔内刺激物： 牙齿残根、残冠、锐利的牙尖等局部刺激物长期摩擦口腔黏膜，就会导致反复溃疡。比如有残根的患者，溃疡往往会长期出现在残根对应的黏膜部位，而且很难愈合。不良饮食习惯： 经常吃辛辣、过烫的食物也会反复刺激口腔黏膜引发溃疡。像喜欢吃火锅、麻辣烫等过烫食物的人，口腔黏膜容易被烫伤，进而反复出现溃疡，这种刺激可能在数天内就会引发溃疡症状。
三、全身性疾病因素
消化系统疾病： 患有胃溃疡、十二指肠溃疡、胃炎等消化系统疾病时，会影响营养物质的吸收，进而导致口腔溃疡反复发生。例如，胃溃疡患者由于消化功能受损，营养吸收不良，约有10% - 30%的患者会合并口腔溃疡。内分泌紊乱： 女性在月经周期、妊娠期等特殊时期，体内激素水平变化较大，容易出现内分泌紊乱，从而引发口腔溃疡。比如女性月经前期，约有20% - 30%的人会出现口腔溃疡复发的情况，这与雌激素水平变化有关。