射精时肾疼通常有以下原因：
一、肾部受到牵拉：在射精时，尿道周围肌肉组织往往会出现收缩现象，如果这种收缩牵拉到肾脏部位，就可能导致肾部有轻微疼痛症状，但经过休息后通常会逐渐缓解，一般无需特别担忧。
1.这种牵拉疼痛的原理主要是相关肌肉收缩影响到肾脏。
2.其特点是疼痛相对轻微且可自行缓解。
二、感染因素：若同房后不注重个人卫生，使细菌侵入体内引发感染，就会出现尿频、尿痛等症状，同时还会伴有射精时肾疼的表现。对此应及时到医院就诊，以防病情进一步恶化。
1.感染的发生与个人卫生不良有关。
2.感染后会出现一系列泌尿系统症状以及肾疼。
总之，射精时肾疼可能由肾部牵拉或感染等因素引起，若出现这种情况且持续不缓解或伴有其他异常表现，应及时就医检查和治疗。