射精时肾部疼痛可能是精囊炎导致的，也可能是前列腺炎的原因，可通过服用药物来治疗。
一、精囊炎：精囊炎即精囊出现炎性病变，多由病原体感染引起。患病后患者常有尿频、尿急、尿痛等表现，若病情反复发作，会对泌尿及生殖系统功能产生影响，从而导致射精时肾部疼痛。可在医生指导下服用以下药物治疗：
1.阿莫西林胶囊：是一种抗生素药物。
2.头孢克肟胶囊：具有广谱抗菌作用。
二、前列腺炎：前列腺炎的诱发因素包括不规则性生活、病原体感染等。患病后会出现尿频、尿急、尿道灼痛、尿滴沥等现象。可遵医嘱使用以下药物：
1.盐酸左氧氟沙星片：为喹诺酮类抗菌药。
2.青霉素V钾片：属于抗生素类药。
在治疗期间，要做好阴部的清洁工作，每日用温水清洗，以防止细菌交叉感染。
总之，当出现射精时肾部疼痛的情况，要考虑精囊炎和前列腺炎等可能，需及时就医明确诊断，并在医生指导下进行针对性的治疗，同时要注意做好个人清洁。