宫颈囊肿主要是宫颈的生理性变化或慢性炎症等原因形成的。正常情况下，宫颈腺体内的分泌物会正常排出，但如果腺管口被堵塞，分泌物潴留就可能形成囊肿。一般来说，大多数宫颈囊肿是良性的，对身体影响不大。
生理性变化导致的囊肿形成
宫颈转化区鳞状上皮覆盖： 在宫颈转化区，鳞状上皮取代柱状上皮的过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻，滞留形成囊肿。这种情况比较常见，通常没有明显症状。腺管周围组织增生： 宫颈腺管周围的组织如果发生增生，也可能压迫腺管，使腺管狭窄甚至阻塞，进而形成囊肿。这也是生理性变化中可能导致囊肿形成的一个方面。
慢性炎症引发的囊肿情况
长期炎症刺激： 当宫颈受到慢性炎症长期刺激时，宫颈组织会发生充血、水肿，炎性细胞浸润，使得宫颈腺体及周围组织发生增生。长期的炎症环境会影响宫颈腺管的正常功能，导致腺管口狭窄，分泌物潴留形成囊肿。例如，患有慢性宫颈炎的女性，就相对更容易出现宫颈囊肿。炎症导致腺管粘连： 慢性炎症还可能引起宫颈腺管粘连，使得腺管内的分泌物无法顺利排出，逐渐积聚形成囊肿。这种由于炎症引起的囊肿，有时可能会伴有一些症状，比如白带增多等，但具体情况因人而异。
其他可能因素影响
年龄因素： 女性在生育年龄阶段，由于体内激素水平的变化等原因，相对更容易出现宫颈的一些生理性变化，包括宫颈囊肿的形成。而绝经后的女性，由于激素水平下降，宫颈囊肿的发生率相对会低一些，但也不是绝对不会出现。宫颈损伤： 女性如果有过宫颈的手术操作等损伤情况，比如人工流产手术、宫颈局部的手术等，可能会影响宫颈腺管的正常结构和功能，增加宫颈囊肿形成的风险。不过这种情况相对生理性变化和慢性炎症来说，发生概率相对低一些，但也是需要关注的一个方面。