脸上扁平疣的根治方法包括物理方式、药物治疗以及疣体埋植术治疗。具体如下：
一、物理治疗：
1.激光：通过激光来清除脸上扁平疣的皮损，能有效去除扁平疣，实现根治目的。
2.冷冻：利用冷冻技术处理扁平疣，可促使皮损状况得到改善和消除。
二、药物治疗：
1.外用抗病毒药物：当扁平疣数目较多时，可配合使用，如干扰素凝胶、咪喹莫特乳膏等。
2.提高免疫力药物：与外用抗病毒药物协同作用。
三、疣体埋植术：对于情况较为严重的，可选择进行自身疣体埋植术，对顽固性扁平疣有较好的根治效果。
总之，可根据扁平疣的具体情况选择合适的根治方法。