肾结石的形成与多种因素有关，一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超过了尿液的溶解限度，就容易析出结晶，逐渐形成肾结石。例如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分浓度异常升高是常见原因。正常情况下，人体每天的尿量需要维持在2000~3000毫升以上，若尿量过少，就不利于这些物质的稀释和排出，增加结石形成风险。
一、代谢异常相关因素
尿液成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等浓度升高时，就容易形成结石。比如，尿钙排泄增多，血钙正常的情况下，尿钙排出增加，就为钙盐结石的形成提供了物质基础。研究发现，约80%的肾结石患者存在尿液成分异常的情况。肠道吸收问题： 肠道对草酸的吸收异常也会影响肾结石形成。如果肠道吸收草酸增多，那么经尿液排出的草酸就会增加，长期如此，就容易在肾脏形成草酸钙结石。比如一些患有肠道疾病的患者，肠道对草酸的重吸收功能紊乱，就更容易长肾结石。
二、局部因素相关情况
尿路梗阻： 尿路梗阻会导致尿液排出不畅，使尿液中的晶体物质容易在局部沉积，进而形成结石。像先天性肾盂输尿管连接部狭窄、输尿管结石等都可能引起尿路梗阻。一旦发生梗阻，尿液潴留，尿液中的矿物质就会逐渐沉积，形成结石。尿路感染： 尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体附着沉积，从而形成结石。例如，变形杆菌等细菌能将尿素分解为氨，使尿液碱化，导致磷酸镁铵等晶体沉淀，引发感染性结石。而且感染还会破坏尿路黏膜，进一步促进结石形成。
三、生活方式相关影响
饮水过少： 前面提到过，每天尿量需维持在2000~3000毫升以上，若饮水不足，尿量减少，尿液中结石形成相关物质的浓度就会升高，增加结石形成几率。比如有些人平时喝水很少，就比喝水多的人更容易长肾结石。饮食不当： 高嘌呤饮食会使尿酸生成增多，增加尿酸结石风险，像动物内脏、海鲜等嘌呤含量高的食物吃多了就不好。高草酸饮食也不利于健康，菠菜、坚果、巧克力等草酸含量高的食物摄入过多，也容易促使草酸钙结石形成。此外，高盐饮食会增加尿钙排泄，也可能促进肾结石形成。