短肠综合征的临床表现多样，通常在肠道切除一定长度后逐渐显现。一般来说，肠道切除超过50%就可能出现相关症状。
营养吸收障碍表现
腹泻： 这是常见表现之一，每天腹泻次数可能较多，可达数次至十余次不等。腹泻原因是剩余肠道不能充分吸收水分和营养，导致大便稀溏。体重下降： 由于营养吸收不良，患者会出现体重快速下降的情况，因为身体无法摄取足够的能量和营养物质来维持正常的体重，短时间内体重可能会下降5%~10%甚至更多。
水电解质紊乱表现
脱水： 肠道丢失大量液体和电解质，容易引发脱水。轻度脱水时可能表现为口渴、尿少，重度脱水则会出现皮肤弹性差、眼窝凹陷、血压下降等症状。低钾血症： 钾离子丢失过多可导致低钾血症，患者会感到乏力、四肢酸软，严重时可能出现心律失常等情况。血清钾浓度可能会低于3.5mmol/L。
维生素缺乏表现
维生素B族缺乏： 会出现舌炎、口角炎等表现，患者舌头可能发红、疼痛，口角容易干裂、发炎。维生素D缺乏： 长期缺乏维生素D会影响钙的吸收，导致骨质疏松，患者可能会有骨痛、易骨折等表现，儿童还可能影响骨骼发育。
其他表现
代谢性酸中毒： 由于肠道丢失碱性物质等原因，可能会出现代谢性酸中毒，患者呼吸会加深加快，有乏力、精神萎靡等表现。生长发育迟缓（儿童患者）： 对于儿童短肠综合征患者，由于营养吸收不良，会影响生长发育，身高、体重增长可能明显低于同龄人，智力发育也可能受到一定影响。