短肠综合征的临床表现多样，主要与肠道吸收面积减少有关。一般来说，患者在术后数天至数周内就可能出现相关症状。
营养吸收障碍表现
腹泻： 这是常见表现之一，每日腹泻次数可多达10余次甚至更多，粪便多为稀水样或糊状，含有未完全消化的食物残渣。体重下降： 由于营养物质吸收不良，患者会出现体重迅速下降的情况，一般在短时间内体重可减轻数公斤。
水电解质紊乱表现
脱水： 因为肠道丢失大量水分和电解质，患者可能出现脱水症状，表现为皮肤干燥、尿量减少等。严重时可出现眼窝凹陷、精神萎靡等。电解质紊乱： 容易出现低钾血症，患者会有乏力、腹胀等表现；还可能出现低钠血症，导致头晕、恶心等不适。
维生素缺乏表现
维生素B族缺乏： 可能引起周围神经炎，出现手足麻木、感觉异常等症状。维生素K缺乏： 会影响凝血功能，导致皮肤瘀斑、鼻出血等出血倾向。
其他表现
骨质疏松： 长期营养吸收不良，尤其是钙、维生素D等吸收不足，可导致骨质疏松，患者会有骨痛等表现。贫血： 由于铁、叶酸等造血原料吸收障碍，可能出现贫血，表现为面色苍白、心慌气短等。