治疗乙肝常用的药物有核苷（酸）类似物和干扰素类。一般来说，核苷（酸）类似物应用较为广泛，比如恩替卡韦，它能抑制乙肝病毒DNA多聚酶的活性，从而抑制病毒复制，长期使用耐药率相对较低，不过具体用药需根据患者情况而定。
核苷（酸）类似物类药物
恩替卡韦： 属于鸟嘌呤核苷类似物，可强效抑制乙肝病毒复制，对于HBeAg阳性的慢性乙肝患者，能在一定时间内降低病毒载量。替诺福韦酯： 是一种核苷酸类似物抗病毒药物，对乙肝病毒有抑制作用，能改善肝脏炎症坏死和纤维化，长期使用安全性较好，但可能对肾功能有一定影响，用药期间需监测肾功能。
干扰素类药物
普通干扰素： 分为α - 2b干扰素等，通过调节免疫系统来发挥抗病毒作用，需要每周注射，疗程相对固定，可能会引起流感样症状等不良反应，不过部分患者停药后有较高的HBeAg血清学转换率。聚乙二醇干扰素： 由于聚乙二醇的修饰，药物半衰期延长，可以每周一次给药，抗病毒效果相对较好，也可能出现发热、乏力等不良反应，但相比普通干扰素，用药更方便。
用药需考虑的人群差异
肝功能代偿期患者： 对于一般肝功能基本正常的乙肝患者，可根据病情选择合适的药物。如果病毒复制活跃，核苷（酸）类似物是常用选择；若有合适的时机且符合条件，干扰素也可考虑，但干扰素可能会有较多不良反应，需权衡利弊。肝功能失代偿期患者： 这类患者使用核苷（酸）类似物时要谨慎，因为部分药物主要通过肾脏排泄，可能会加重肾脏负担，一般优先选择对肾功能影响小的药物，并且需要密切监测肝功能和肾功能等指标。孕妇患者： 乙肝孕妇用药需特别谨慎，一般不建议使用干扰素治疗，而核苷（酸）类似物中替比夫定在妊娠B级，但也要在医生严格评估后使用，要充分考虑药物对胎儿的影响以及乙肝母婴传播的阻断等问题。