舌下腺囊肿治疗主要有手术治疗和非手术治疗两种方式。一般来说，手术切除是比较有效的治疗方法，通过手术完整切除舌下腺及囊肿，复发率相对较低。
手术治疗为主
根治性手术： 完整切除舌下腺是根治舌下腺囊肿的关键。因为舌下腺是囊肿的起源部位，只有将舌下腺切除，才能从根本上避免囊肿复发。手术通常在局部麻醉下进行，对于儿童等不配合局麻的患者可能需要全身麻醉。袋形缝合术： 对于不能耐受较大手术的患儿或情况特殊的患者，可采用袋形缝合术。这种方法是将囊肿切开，刮除部分囊壁组织后，将囊壁与口腔黏膜缝合，使囊肿与口腔相通，形成一个“口袋”，让囊液能引流到口腔中。但这种方法复发率相对较高。
非手术治疗情况
穿刺抽液： 可以用注射器抽取囊肿内的囊液，但单纯抽液很快会复发，因为没有去除产生囊液的舌下腺，所以一般不单独使用，多作为暂时缓解症状的方法，比如在紧急情况下缓解囊肿引起的肿胀等问题。不过抽液后可以注入硬化剂，如碘酊等，试图破坏囊壁，减少复发，但硬化剂注射有一定风险，可能引起局部炎症等不良反应。
术后注意事项
口腔护理： 术后要注意口腔卫生，每天要用淡盐水漱口，保持口腔清洁，防止伤口感染。一般术后1周左右伤口可逐渐愈合。饮食调整： 术后短期内要吃软食，避免吃坚硬、辛辣刺激性食物，以免刺激伤口，影响愈合。例如术后1~2天可以吃粥、面条等软烂食物，1周后可逐渐过渡到正常饮食，但仍要注意避免刺激伤口的食物。