吃黄体酮三天后有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.药物的不良反应：
黄体酮是一种孕激素，服用后可能会导致子宫内膜不完全脱落，引起少量出血，从而出现褐色分泌物。
这种情况通常在停药后会自行消失，不需要特殊处理。
2.激素水平波动：
服用黄体酮期间，体内激素水平会发生变化，可能会影响子宫内膜的稳定性，导致部分子宫内膜脱落，出现褐色分泌物。
这种情况一般也不需要过于担心，继续观察即可。
3.其他因素：
宫颈炎、宫颈息肉等宫颈疾病，也可能导致服用黄体酮后出现褐色分泌物。
此外，子宫内膜息肉、子宫肌瘤等也可能引起不规则出血。
如果褐色分泌物持续时间较长、量较多，或伴有其他不适症状，如腹痛、瘙痒等，应及时就医，进行相关检查，如妇科检查、B超等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。
需要注意的是，在服用黄体酮期间，应遵医嘱用药，不要自行增减剂量或停药。同时，应保持良好的生活习惯，注意个人卫生，避免过度劳累和剧烈运动。如果对褐色分泌物的出现有疑虑，可随时与医生沟通，以获得更专业的建议。