肝癌肿瘤标志物的检查主要有甲胎蛋白（AFP）、异常凝血酶原（PIVKA - Ⅱ）和糖类抗原19 - 9（CA19 - 9）等。其中甲胎蛋白是较为常用的指标，约70%的肝癌患者血清中甲胎蛋白会升高。
甲胎蛋白：
甲胎蛋白是一种糖蛋白，正常情况下，它主要由胎儿肝细胞及卵黄囊合成。在成人血清中含量极低。当患有肝癌时，血清中甲胎蛋白水平会明显升高。一般来说，血清甲胎蛋白大于400μg/L，持续四周以上，同时结合影像学检查等，要高度怀疑肝癌。不过，甲胎蛋白升高也可见于一些良性肝病，像肝炎、肝硬化等，这时候需要动态观察甲胎蛋白的变化情况。
异常凝血酶原：
异常凝血酶原在肝癌的诊断中也有一定价值。它在肝癌细胞中合成增多。对于一些甲胎蛋白阴性的肝癌患者，异常凝血酶原检测可能会有阳性结果。在肝癌患者中，异常凝血酶原的阳性率可达60%左右。而且它对于判断肝癌的疗效和预后也有一定意义，治疗有效时，异常凝血酶原水平会下降，复发时又可能升高。
糖类抗原19 - 9：
糖类抗原19 - 9是一种黏蛋白型的糖类蛋白肿瘤标志物。在肝癌患者中，部分人血清中的糖类抗原19 - 9会升高。不过，它在其他消化系统疾病，如胰腺癌、胆管癌等中也可能升高。所以，单独依靠糖类抗原19 - 9升高来诊断肝癌并不特异，通常需要结合其他检查综合判断。比如，当糖类抗原19 - 9升高同时伴有影像学提示肝脏有占位性病变时，要进一步排查肝癌的可能。