肛乳头瘤常见的症状有肛门不适，比如患者常常会感觉肛门内有异物感，这种异物感可能会持续存在，有的患者在排便时会明显感觉到。另外，排便不尽感也是常见症状之一，部分患者排便后总觉得肛门内还有粪便未排净，这种情况可能会反复出现。还有一种症状是肛门瘙痒，由于肛乳头瘤可能会刺激肛门周围的皮肤，导致分泌物增多，进而引起肛门瘙痒。
症状表现一：排便时的异常感觉
排便时肿物脱出： 初期肛乳头瘤较小，排便时可能不易脱出肛门外，但随着瘤体增大，排便时可脱出肛门，小的肛乳头瘤脱出后可自行回纳，较大的则需用手推回，甚至长期脱出在外。比如有些患者排便时能看到肛门外有小的肿物，像小乳头一样。排便疼痛： 当肛乳头瘤脱出后不能及时回纳时，可引起肛门嵌顿，导致疼痛，这种疼痛一般较为明显，患者会感觉肛门部位有刺痛或胀痛感，尤其是在排便过程中和排便后一段时间。
症状表现二：肛门局部的其他反应
肛门坠胀感： 患者会感觉肛门有坠胀不适的感觉，好像总有东西压迫着肛门，这种坠胀感可能会在久坐、久站后加重。比如长时间站立工作的人，患肛乳头瘤后肛门坠胀感会更明显。分泌物增多： 肛乳头瘤刺激肛门腺体，可导致分泌物增多，这些分泌物可从肛门流出，弄湿内裤，给患者带来不适，同时也可能会刺激肛门周围皮肤，加重瘙痒等症状。
症状表现三：与其他疾病易混淆的情况
与内痔混淆： 内痔也可能有脱出、便血等症状，但内痔便血一般是鲜红色，滴血或喷射状出血，而肛乳头瘤便血相对较少见，多为带血黏液。另外，肛乳头瘤脱出的是灰白色、质硬的乳头样物，内痔脱出的是暗红色、柔软的团块。与直肠息肉混淆： 直肠息肉也可脱出肛门外，但直肠息肉多见于儿童，多数为单个，表面光滑，而肛乳头瘤好发于肛管，多见于青壮年，瘤体一般为单个或多个，呈灰白色，有蒂或无蒂。