睡一觉起来全身肌肉酸痛可能由多种原因引起，比如运动过量，若前一天进行了较剧烈的运动，尤其是之前很少运动突然大量运动，24~48小时后可能出现全身肌肉酸痛，这是因为运动中产生了乳酸堆积。
原因一：运动因素
运动强度过大： 如果前一天进行了高强度的力量训练或者长时间的有氧运动，肌肉在运动过程中会进行无氧呼吸产生乳酸，当乳酸堆积过多时，睡一觉起来就可能感觉全身肌肉酸痛。一般这种情况经过适当休息会逐渐缓解。运动前未热身： 运动前没有充分热身，肌肉突然进入高强度运动状态，也容易导致睡一觉起来全身肌肉酸痛，因为肌肉没有适应就被过度使用，会产生损伤相关的反应。
原因二：睡眠姿势不当
长时间压迫肌肉： 如果睡眠时长时间保持一个不正确的姿势，比如长时间趴着睡或者某一部位肌肉被长时间压迫，会影响局部血液循环，导致肌肉缺血缺氧，醒来后就可能出现全身肌肉酸痛。比如长时间侧睡压迫一侧身体，醒来后受压侧肌肉可能有酸痛感。床垫不合适： 床垫过硬或过软都可能导致睡一觉起来全身肌肉酸痛。床垫过硬会使身体某些部位承受过大压力，肌肉得不到良好支撑；床垫过软则会让身体下陷过多，肌肉需要持续用力来维持姿势，都会引起肌肉疲劳酸痛。
原因三：疾病因素
流感等感染性疾病： 当人体感染流感病毒等病原体后，身体会出现炎症反应，同时病毒产生的毒素等物质可能会引起肌肉酸痛，除了全身肌肉酸痛外，还可能伴有发热、咳嗽等症状。一般流感引起的肌肉酸痛会随着病情好转而逐渐减轻。纤维肌痛综合征： 这是一种慢性疾病，患者会出现全身广泛的肌肉疼痛，睡一觉起来也可能感觉肌肉酸痛，而且这种疼痛会持续 3 个月以上，同时可能伴有睡眠障碍、疲劳等表现。