睡一觉起来全身酸痛发热可能由多种原因引起，比如感染性疾病，像病毒性感冒就比较常见，一般来说，病毒性感冒引起的全身酸痛发热，病程大概在1-2周左右。
可能的原因——感染性因素
病毒性感冒： 由病毒感染上呼吸道引起，除了全身酸痛发热外，还常伴有咳嗽、流涕、鼻塞等症状。通常是机体免疫力下降时，病毒入侵导致。一般来说，普通病毒性感冒引起的发热，体温多在38℃左右，也可能更高。细菌感染： 比如链球菌感染，也可能导致睡一觉起来全身酸痛发热，还可能伴有局部的红、肿、热、痛等症状，像链球菌引起的扁桃体炎，就会有咽痛明显、扁桃体肿大等表现。
可能的原因——非感染性因素
自身免疫性疾病： 如类风湿关节炎，在病情活动期也可能出现全身酸痛，同时可能伴有发热，不过这类发热一般不是高热，多为低热或者中等度热，而且关节会有肿胀、疼痛、畸形等表现，晨僵现象比较明显，一般持续时间超过30分钟。中暑： 在高温环境下睡眠，可能会发生中暑，除了全身酸痛发热外，还可能有大汗、口渴、乏力等表现，严重时会出现昏迷、抽搐等症状。比如在气温较高、通风不良的环境中睡眠，就容易引发中暑。
应对建议
如果睡一觉起来全身酸痛发热，首先要测量体温。如果体温在38.5℃以下，可以先采取物理降温，比如用湿毛巾擦拭额头、腋窝、腹股沟等部位，帮助散热。同时要注意休息，保证充足的睡眠，多喝水，补充身体流失的水分。如果体温超过38.5℃，或者全身酸痛发热的症状持续不缓解甚至加重，比如出现呼吸困难、剧烈头痛、关节严重肿痛等情况，应及时就医，进行相关检查，如血常规等，明确病因后再进行针对性的治疗。