治疗灰指甲比较有效的方法包括外用药物治疗、口服药物治疗以及手术治疗等。一般来说，外用药物治疗相对较为安全，但疗程可能较长；口服药物治疗效果相对更快，但需要注意药物的副作用等问题。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它是一种局部抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成发挥作用。每周使用1 - 2次，连续使用几个月，能起到抗真菌治疗灰指甲的效果。不过，使用时要注意涂抹范围要覆盖病甲及周围皮肤，且要保证指甲表面清洁干燥。环吡酮胺乳膏：属于广谱抗真菌药物，对皮肤癣菌、酵母菌等多种真菌有抑制和杀灭作用。可以直接涂抹在病甲部位，每天使用1 - 2次，坚持使用一段时间后，对改善灰指甲症状有一定帮助。但要注意如果指甲周围皮肤有破损、溃烂等情况，使用时要谨慎。
口服药物治疗
伊曲康唑：是一种合成的三氮唑类抗真菌药，它可以干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用。采用冲击疗法，即每月服用一周，连续服用几个月，能有效治疗灰指甲，但需要定期监测肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬：是一种烯丙胺类抗真菌药物，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜麦角鲨烯的合成，影响真菌生长。一般每天服用一次，连续服用几个月，对灰指甲有较好的治疗效果，同样要注意可能存在的肝功能影响等问题，用药前和用药过程中需监测肝功能。
手术治疗
拔甲术：过去曾是治疗灰指甲的一种方法，就是将病甲拔除。但这种方法创伤相对较大，术后恢复时间较长，而且容易复发，现在已经不是首选的治疗方法。一般只有在病甲情况比较严重，其他治疗方法效果不佳时才会考虑，并且术后要注意防止感染等情况发生，需要精心护理伤口。激光治疗：利用激光的光热效应来破坏真菌。比如某些特定波长的激光可以穿透甲板，作用于甲床内的真菌，起到杀灭真菌的作用。激光治疗相对来说创伤较小，恢复较快，但可能需要多次治疗才能达到较好的效果，而且不同患者对激光治疗的反应可能有所不同。