在临床上，有几种疾病容易被误诊为肺结核，比如肺癌。肺癌患者可能会出现咳嗽、咳痰、咯血等症状，胸部影像学检查有时会与肺结核的表现相似。一般肺癌多见于40岁以上长期吸烟的人群，通过进一步做病理活检等检查可以鉴别。
肺炎也易被误判为肺结核
细菌性肺炎： 部分细菌性肺炎起病较急，有发热、咳嗽、咳痰等症状，胸片或CT表现可能与肺结核有类似之处。比如肺炎链球菌肺炎，血常规检查常显示白细胞和中性粒细胞升高，而肺结核患者一般白细胞多正常或轻度升高。病毒性肺炎： 病毒性肺炎也可能被误诊为肺结核，像流感病毒引起的肺炎，临床症状和胸部影像有时与肺结核不易区分，不过病毒性肺炎患者常有明确的病毒接触史，病毒核酸检测等可辅助鉴别。
肺脓肿也需警惕误诊为肺结核
肺脓肿早期： 肺脓肿早期与肺结核的影像学表现可能有相似点。肺脓肿起病相对更急，高热症状较为突出，咳大量脓臭痰，通过痰液检查可发现致病菌，而肺结核患者咳痰一般不会有大量脓臭痰。另外，肺脓肿患者的病程发展特点与肺结核不同，经过抗生素治疗肺脓肿的好转速度可能相对较快。
纵隔淋巴瘤也易被错认为肺结核
纵隔淋巴瘤： 纵隔淋巴瘤患者可能出现咳嗽、胸闷等症状，胸部CT检查时纵隔部位的病变可能被误判为肺结核。淋巴瘤患者往往有全身症状，如发热、盗汗、消瘦等，而且淋巴结活检是鉴别淋巴瘤与肺结核的关键手段，通过病理检查能明确诊断。