怀孕三个月胎儿停止发育的原因主要有以下几点：
1.胚胎因素：胚胎染色体异常是早期流产的主要原因。约50%-60%的流产胚胎会出现染色体异常。
2.母体因素：
全身性疾病：孕妇患有严重的全身性疾病，如严重的感染、高热疾病、严重的贫血或心力衰竭等，可能导致胎儿停止发育。
生殖器异常：子宫畸形、子宫黏膜下肌瘤、宫腔粘连等生殖器异常，可能影响胚胎的着床和发育。
内分泌异常：黄体功能不足、多囊卵巢综合征、高泌乳素血症等内分泌疾病，可能影响胚胎的发育。
免疫因素：母胎免疫不适应，如自身免疫疾病、同种免疫异常等，可能导致胎儿停止发育。
强烈的应激与不良习惯：孕妇受到严重的创伤、手术、精神创伤或过度紧张、焦虑等应激，以及长期吸烟、酗酒等不良习惯，也可能导致胎儿停止发育。
3.父亲因素：精子染色体异常可能导致胚胎发育异常。
4.环境因素：过多接触放射线和化学物质等环境因素，可能导致胎儿停止发育。
如果出现怀孕三个月胎儿停止发育的情况，孕妇应及时就医，进行详细的检查和诊断。医生可能会建议进行超声检查、激素水平测定、染色体检查等，以确定具体的原因。治疗方法包括清宫术、药物治疗等，具体治疗方案应根据个体情况而定。
在备孕和怀孕期间，孕妇应注意保持良好的生活习惯，避免接触有害物质，保持心情舒畅，定期进行产前检查，及时发现和处理问题。如果曾经出现过胎儿停止发育的情况，再次怀孕时应及时就医，进行针对性的检查和治疗，以提高再次妊娠的成功率。