导致胎儿三个月停止发育的原因有很多，具体如下：
1.胚胎因素：胚胎染色体异常是早期流产的主要原因。染色体异常包括数量异常和结构异常。
2.母体因素：
内分泌异常：黄体功能不足、多囊卵巢综合征、高泌乳素血症等内分泌疾病可能影响胚胎发育。
子宫畸形：子宫纵隔、双角子宫、子宫发育不良等子宫畸形可能影响胚胎着床和发育。
宫腔粘连：子宫内膜受损或感染可能导致宫腔粘连，影响胚胎着床和发育。
子宫肌瘤：较大的子宫肌瘤可能影响胚胎发育。
全身性疾病：严重的感染、高热、严重贫血、心力衰竭、慢性肾炎等全身性疾病可能导致流产。
3.免疫因素：母体的免疫功能异常可能对胚胎产生免疫攻击，导致流产。
4.环境因素：过多接触放射线、化学物质、噪声等环境因素可能影响胚胎发育。
5.其他因素：吸烟、饮酒、过度劳累、情绪紧张等也可能增加流产的风险。
如果胎儿三个月停止发育，需要及时就医，进行详细的检查和诊断。医生可能会建议进行以下检查：
1.超声检查：观察胎儿的发育情况和孕囊、胎芽、胎心等指标。
2.激素水平测定：检测孕激素、人绒毛膜促性腺激素等激素水平，了解母体内分泌情况。
3.染色体检查：对胚胎或母体进行染色体检查，排除染色体异常的可能。
4.其他检查：根据具体情况，可能还需要进行其他检查，如免疫检查、宫腔镜检查等。
治疗方法主要包括以下几种：
1.清宫术：如果胎儿停止发育时间较长，可能需要进行清宫术，清除宫腔内的残留物。
2.药物治疗：医生可能会根据具体情况给予药物治疗，如促进子宫收缩、预防感染等。
3.病因治疗：如果胎停育是由于母体疾病引起的，需要积极治疗原发病，如控制血糖、治疗甲状腺功能异常等。
4.休息和营养支持：在胎停育后，母体需要充分休息，同时保持良好的营养状态，有利于身体恢复。
需要注意的是，胎停育后再次怀孕需要进行充分的准备和检查，以降低再次发生胎停育的风险。在备孕期间，应注意保持良好的生活习惯，避免接触有害物质，补充叶酸等营养素。如果在怀孕后出现阴道流血、腹痛等异常情况，应及时就医。