多器官功能障碍综合征的治疗较为复杂，总体来说治疗难度较大。一般病情严重的患者，抢救治疗周期可能长达数周甚至数月，且治疗费用较高，通常需要数万元甚至更高。
治疗的关键影响因素
病情严重程度： 如果患者多器官功能障碍的程度较轻，只有1 - 2个器官轻度受损，相对来说治疗难度会小一些；但如果是3个及以上器官严重受损，治疗就会非常棘手，因为多个器官同时出现功能障碍相互影响，治疗起来需要综合协调各方面的治疗措施。原发疾病： 如果原发疾病是比较容易控制的感染，比如轻度的细菌感染引发的多器官功能障碍，在控制感染后，器官功能有可能逐渐恢复，治疗相对有希望；但如果原发疾病是恶性肿瘤晚期等难以根治的情况，多器官功能障碍的治疗就会困难重重，因为原发疾病持续消耗身体，影响器官功能的修复。
治疗手段及特点
支持治疗方面
呼吸支持： 当患者出现呼吸功能障碍时，可能需要使用呼吸机进行辅助呼吸。如果是轻度的呼吸功能下降，通过短时间使用无创呼吸机辅助通气，有可能改善呼吸状况；但如果呼吸功能严重衰竭，需要长时间使用有创呼吸机，这时候患者发生肺部感染等并发症的风险增加，治疗难度也会加大。循环支持： 对于出现循环功能障碍的患者，可能需要使用血管活性药物来维持血压。如果是因为血容量不足导致的循环轻度不稳定，通过补充血容量并配合轻度的血管活性药物使用，有可能纠正循环问题；但如果是顽固性的休克，循环难以维持，需要大量使用强效血管活性药物，同时还需要解决导致休克的根本原因，治疗就会复杂很多。
器官功能维护方面
肾脏功能维护： 如果出现肾功能障碍，可能需要进行肾脏替代治疗，如血液透析。对于轻度的肾功能损伤，通过药物等保守治疗有可能使肾功能恢复；但如果是严重的急性肾衰竭，需要长期进行血液透析，而且患者还面临着透析相关并发症的风险，如低血压、出血等，增加了治疗的难度和复杂性。肝脏功能维护： 当肝脏功能出现问题时，需要使用一些保护肝脏的药物，同时要避免使用对肝脏有损害的药物。如果是轻度的肝损伤，通过药物治疗和去除诱因，肝脏功能有可能逐渐恢复；但如果是严重的肝衰竭，除了药物治疗外，可能还需要考虑肝移植等更激进的治疗手段，而肝移植本身也存在手术风险、排斥反应等诸多问题。