脑袋不由自主轻微晃动的原因主要有特发性震颤、颈椎疾病、帕金森病、癫痫等，也可能是其他一些疾病导致。
一、特发性震颤：这是一种会使躯体某一部分出现不自主、有节律摆动的情况，头部自主摇晃就是其表现之一，此外还可能伴有手和前臂的动作性震颤，且往往具有一定遗传性。
二、颈椎疾病：脑袋不由自主轻微晃动可能源于颈椎疾病，比如寰枢椎病变、颈椎病等。颈椎出现问题会对相关神经等造成影响，从而引发头部异常晃动。
三、帕金森病：这是常见于中老年人的神经系统退行性疾病，因神经元变性引起功能障碍，会出现头不自主摇晃的现象，同时还可能有肌肉僵直、难以保持平衡、记忆力衰退等表现。
四、癫痫：这是由多种原因导致的慢性脑部疾病，因脑神经元过度放电而使中枢神经系统功能反复性、发作性和短暂性丧失，可能表现为无症状的头不自主摇晃，还可能有两眼发直、凝视前方、昏厥等症状。
此外，像颅内占位、甲亢等疾病也可能有头不自主摇晃的情况。所以，如果出现脑袋不由自主轻微晃动，一定要请专业医师进行全面系统的检查，切不可私自用药，以免耽误病情。
总之，脑袋出现不由自主的轻微晃动可能是多种原因引起的，要及时明确具体原因并采取恰当的措施。