直肠炎的治疗药物需根据病因等因素来选择，一般常用的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素、益生菌等。比如氨基水杨酸制剂中的柳氮磺吡啶，可用于轻中度直肠炎的治疗。
氨基水杨酸制剂类药物
柳氮磺吡啶： 是常用的氨基水杨酸制剂，适用于轻、中度直肠炎患者。它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症介质的产生。美沙拉嗪： 也属于氨基水杨酸制剂，有灌肠剂等剂型，对于直肠炎局部用药效果较好，能减轻直肠炎症反应。
糖皮质激素类药物
氢化可的松： 可用于直肠炎的局部治疗，能快速减轻炎症水肿等症状。但长期使用可能会有一些副作用，如引起骨质疏松等，所以需在医生指导下使用。泼尼松龙： 对于较严重的直肠炎，可能会口服泼尼松龙来控制炎症，但要注意其可能带来的如血糖升高、免疫力下降等副作用。
益生菌类药物
双歧杆菌： 直肠炎患者肠道菌群可能失调，补充双歧杆菌等益生菌有助于调节肠道菌群平衡，改善肠道微生态环境，促进肠道黏膜修复。嗜酸乳杆菌： 同样可以起到调节肠道菌群的作用，帮助维持肠道正常的生理功能，对直肠炎的康复有一定帮助。
抗生素类药物
如果直肠炎是由细菌感染引起的，可能会使用抗生素。比如大肠杆菌感染导致的直肠炎，可能会用到氧氟沙星等抗生素，但使用抗生素要严格遵循医生的指导，避免滥用导致耐药等问题。