毛囊炎的治疗药物需根据病情选择，一般外用药物为主，病情严重时可能用到口服药物。比如轻度毛囊炎，外用药物就可能有效。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏：这是一种常用的外用抗生素，适用于细菌感染引起的毛囊炎。它能抑制细菌的蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。一般直接涂抹在患处，每天3次左右。夫西地酸乳膏：对引起毛囊炎的常见细菌有较好的抗菌活性。使用时取适量均匀涂抹于患处，一日2 - 3次。
抗真菌外用药物
酮康唑乳膏：如果是真菌引起的毛囊炎，比如马拉色菌性毛囊炎，酮康唑乳膏就可以发挥作用。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌代谢。通常每天外用1 - 2次，涂抹于患处。特比萘芬乳膏：也可用于治疗真菌性毛囊炎，通过抑制真菌角鲨烯环氧化酶，干扰真菌细胞壁的合成。用法是每日1次，薄涂于患处。
口服药物情况
抗生素类口服药：当毛囊炎比较严重，外用药物效果不佳时，可能会用到口服抗生素。比如头孢类抗生素，像头孢呋辛酯等。但这类药物需要在医生指导下使用，因为要根据患者的具体感染情况来选择，而且可能会有一些不良反应，比如胃肠道不适等。抗真菌口服药：如果是顽固的真菌性毛囊炎，可能会用到口服抗真菌药物，如伊曲康唑。但使用这类药物时要注意监测肝功能等，因为可能会对肝脏有一定影响，而且必须在医生的严格评估和指导下使用，因为它有一定的适应证和禁忌证等。需要注意的是，在使用药物治疗毛囊炎时，要保持皮肤清洁，避免搔抓等刺激。如果是儿童患毛囊炎，使用药物更要谨慎，比如儿童使用外用药物时要注意药物的浓度等，最好在医生的指导下选择合适的药物及用法用量。同时，不同原因引起的毛囊炎，用药选择不同，所以一定要明确病因后在医生的指导下合理用药。