毛囊炎的治疗药物需根据病情等选择，一般局部外用药物较为常用，比如莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有较好的抗菌作用，能帮助减轻毛囊炎部位的炎症，通常可每日外用2-3次。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏：适用于革兰阳性球菌引起的毛囊炎，能抑制细菌蛋白质合成发挥杀菌作用，局部涂抹在患处即可。夫西地酸乳膏：对引起毛囊炎的金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性，可涂于患处，一天使用2-3次。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏：如果是真菌引起的毛囊炎，比如马拉色菌感染导致的，酮康唑乳膏能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，发挥抗真菌作用，外用时均匀涂抹在患处。特比萘芬乳膏：也可用于真菌感染引起的毛囊炎，通过抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌功效，每天使用1-2次。
中药类外用药物
如意金黄散：用醋或植物油调敷后涂于毛囊炎患处，有清热解毒、消肿止痛的作用，可缓解毛囊炎引起的红肿热痛等症状。鱼石脂软膏：有温和的刺激性，可促使毛囊炎病变局限、软化，促进脓肿形成，外用时涂抹在患处。需要注意的是，儿童使用外用药时要谨慎，尽量选择刺激性小的药物，且使用前最好咨询医生。同时，若毛囊炎症状较重，单纯外用药物效果不佳，可能还需要结合口服药物等治疗，但具体用药都应在医生指导下进行，根据毛囊炎的病因、病情严重程度等综合选择合适的药物。