新生儿肠绞痛的原因目前尚不十分明确，一般认为可能与以下几方面因素有关。首先是胃肠道发育不成熟，新生儿的胃肠道神经调节功能和消化酶的分泌功能还不完善，大约有20%的新生儿可能会出现肠绞痛，这与他们尚未发育成熟的胃肠道系统有关。
胃肠道因素：
胃肠蠕动不协调： 新生儿的胃肠蠕动容易出现不协调的情况，比如肠道蠕动过快或者过慢，这可能导致肠道内气体积聚，从而引发肠绞痛。例如，肠道蠕动紊乱时，食物在肠道内通过的过程不顺畅，就容易产生较多气体，引起腹部不适。乳糖不耐受： 部分新生儿体内缺乏乳糖酶，无法完全消化母乳或配方奶中的乳糖，未被消化的乳糖在肠道内被细菌分解，产生大量气体，也可能诱发肠绞痛。据统计，约有5% - 10%的新生儿存在乳糖不耐受的情况。
神经调节因素：
自主神经功能不稳定： 新生儿的自主神经功能尚不稳定，交感神经和副交感神经的调节平衡还未完全建立。当受到外界刺激时，比如温度变化、声音刺激等，容易引起肠道的应激反应，导致肠绞痛发生。比如环境温度突然降低，可能会影响新生儿自主神经对肠道的调节，引发肠绞痛。脑肠轴发育不完善： 脑肠轴是连接大脑和肠道的神经内分泌网络，新生儿的脑肠轴发育还不完善，大脑对肠道的调控能力有限，这也可能导致肠道功能紊乱，进而出现肠绞痛。
外界刺激因素：
喂养方式不当： 喂养时如果新生儿吸入过多空气，比如喂奶姿势不正确，奶嘴洞口过大等，都会使大量空气进入胃肠道，引起腹胀、肠绞痛。一般来说，约有30%的肠绞痛新生儿与喂养时吸入过多空气有关。环境变化影响： 突然改变新生儿的生活环境，如搬家、更换照顾人员等，可能会使新生儿产生应激反应，影响肠道的正常功能，诱发肠绞痛。这种因环境变化导致的肠绞痛在新生儿中也较为常见。