新生儿肠绞痛的原因目前尚不明确，可能与多种因素有关。一般认为，约有10%的新生儿会在出生后2-4周出现肠绞痛，主要与以下几方面相关。
胃肠道发育不成熟
肠道神经调节不完善： 新生儿的肠道神经系统还处于发育阶段，神经调节功能不够成熟，容易导致肠道蠕动不协调。比如，肠道蠕动可能会出现过快或过慢的情况，进而引发肠绞痛。消化酶分泌不足： 新生儿的消化酶分泌相对不足，尤其是分解乳糖的乳糖酶，若乳糖酶缺乏，新生儿食用母乳或配方奶后，其中的乳糖不能被充分消化，在肠道内被细菌分解发酵，产生气体，引起肠道胀气，从而诱发肠绞痛。
喂养相关因素
过度喂养： 如果新生儿喂养次数过于频繁或每次喂养量过多，会加重胃肠道的消化负担。例如，一次性给新生儿喂入过多的奶，超出了其胃肠道的承受能力，就容易导致胃肠功能紊乱，引发肠绞痛。喂养时吸入空气： 新生儿在吃奶过程中，如果含乳姿势不正确，或者哭闹时喂奶，很容易吸入过多的空气。这些空气在肠道内积聚，会使肠道内压力增加，引发肠绞痛。比如，母乳喂养时，新生儿没有将乳头和大部分乳晕含住，就容易吸入空气；配方奶喂养时，奶嘴的孔过大，也会导致新生儿吸入过多空气。
其他因素
环境因素影响： 外界环境的变化也可能影响新生儿。比如突然改变新生儿的睡眠环境、温度变化等，都可能对新生儿的植物神经功能产生影响，导致肠道痉挛，引发肠绞痛。情绪因素： 新生儿也可能因为情绪方面的原因出现肠绞痛。例如，新生儿长时间哭闹不安，情绪处于紧张状态时，会影响胃肠道的正常功能，诱发肠绞痛。而且有研究发现，有肠绞痛的新生儿，其母亲在孕期的情绪状态也可能对新生儿有一定影响，比如孕期焦虑的母亲所生新生儿发生肠绞痛的概率相对较高。