疱疹性咽峡炎是由肠道病毒引起的以急性发热和咽峡部疱疹、溃疡为特征的疾病，一般病程在1周左右。治疗方面主要是对症处理和支持治疗。
一般治疗
隔离休息： 患病后需隔离2周左右，避免交叉感染。因为疱疹性咽峡炎具有传染性，主要通过粪 - 口或呼吸道传播，隔离能减少病毒传播给他人的风险。清淡饮食： 患病期间要给患者提供清淡、易消化的食物，比如米粥、面条等。避免吃辛辣、刺激性食物，以免刺激咽部，加重疼痛症状。
药物治疗
退热药物： 如果患者体温超过38.5℃，可以使用对乙酰氨基酚等退热药物。对乙酰氨基酚能通过抑制前列腺素的合成，达到解热镇痛的作用，一般适用于3个月以上的儿童和成人。抗病毒药物： 目前对于肠道病毒感染引起的疱疹性咽峡炎，没有特效的抗病毒药物。但如果是由柯萨奇病毒A组引起，在发病早期可以考虑使用干扰素α等药物，干扰素α具有抗病毒、抑制细胞增殖以及调节免疫等作用。不过使用抗病毒药物需要在医生的严格评估下进行。
局部治疗
口腔护理： 可以用生理盐水漱口，保持口腔清洁，减少细菌感染的机会。对于口腔疼痛明显的患者，还可以使用含有利多卡因的喷雾剂来缓解疼痛，但要注意2岁以下儿童慎用。涂抹药物： 对于咽峡部的疱疹和溃疡，可以使用锡类散等中药制剂涂抹，有一定的消肿止痛、促进愈合的作用。但使用时要注意方法，避免患儿误吞药物。