补过的牙三年后疼的原因可能有以下几点：
1.继发龋：如果口腔卫生不佳，细菌可以通过补牙材料与牙齿之间的微小缝隙进入牙齿内部，引起龋齿，导致牙疼。
2.牙髓炎或根尖周炎：补牙时如果牙髓已经受到感染，或者补牙后牙髓发生了炎症或坏死，就可能发展为牙髓炎或根尖周炎，引起牙疼。
3.牙齿折裂：如果补牙后的牙齿受到过大的咬合力或外力撞击，可能会导致牙齿折裂，引起牙疼。
4.牙周炎：如果补牙周围的牙龈组织发生了炎症，可能会导致牙周炎，进而引起牙疼。
5.其他原因：如补牙材料松动、脱落，或牙齿邻面出现龋齿等。
如果出现补过的牙三年后疼的情况，建议及时就医，进行口腔检查和X线检查，以确定疼痛的原因，并采取相应的治疗措施。以下是一些可能的治疗方法：
1.龋齿治疗：如果是继发龋引起的牙疼，需要去除补牙材料，进行龋齿治疗，如垫底、充填等。
2.牙髓治疗：如果是牙髓炎或根尖周炎引起的牙疼，需要进行牙髓治疗，如根管治疗等。
3.牙齿修复：如果牙齿折裂，需要根据折裂的程度进行修复，如牙冠修复、拔牙等。
4.牙周治疗：如果是牙周炎引起的牙疼，需要进行牙周治疗，如洗牙、刮治等。
5.其他治疗：根据具体情况，可能还需要进行其他治疗，如调整咬合、使用止痛药等。
此外，为了预防补牙后再次出现牙疼，建议保持良好的口腔卫生，定期洗牙、检查和维护牙齿。同时，避免用补牙的牙齿咀嚼过硬的食物，减少牙齿的受力。如果补牙后出现任何异常情况，应及时就医。