经常半夜肛门里面疼醒可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。肛裂引起的疼痛多剧烈，有典型的周期性，即排便时疼痛，便后数分钟缓解，随后又出现剧烈疼痛，常持续数小时。
2.肛管炎：肛管炎是长期的粪便刺激和不良的排便习惯引起的，其主要表现为肛门部下坠感、疼痛、肛管黏膜充血、水肿、糜烂，有时会出现脓性分泌物。肛管炎也会导致肛门疼痛，尤其是在半夜。
3.肛窦炎：肛窦炎是指肛窦部的炎症，常由细菌感染引起。其主要症状是肛门部不适和隐痛，有时会出现肛门下坠感，排便时加重。肛窦炎也可能导致肛门疼痛，尤其是在夜间。
4.肛周脓肿：肛周脓肿是指肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生的急性化脓性感染，并形成脓肿。其主要症状是肛周持续性剧痛，受压或咳嗽时加重，行走不便，坐卧不安，全身感染症状不明显。肛周脓肿也可能引起肛门疼痛，尤其是在夜间。
5.痔疮：内痔或混合痔脱出、嵌顿，可导致肛门括约肌痉挛，引起疼痛。
6.其他：直肠、肛管恶性肿瘤，肛管及肛门周围的外伤性裂口，肛管及直肠的其他疾病如克隆氏病、肠结核、溃疡性结肠炎等也可引起肛门疼痛。
如果经常出现半夜肛门里面疼醒的情况，建议及时就医，进行详细的检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中，应注意保持肛门清洁，避免久坐、久站，保持良好的排便习惯，避免便秘和腹泻。