包皮里面长小水泡可能是以下原因。
一、皮肤过敏：若包皮经常受到摩擦或其他刺激，可能引发过敏反应，致使局部出现丘疹或丘疱疹，同时伴有瘙痒症状。治疗上，可在医生指导下口服抗组胺药物，如盐酸西地嗪片、氯雷他定片等。
1.盐酸西地嗪片：可有效缓解过敏症状。
2.氯雷他定片：能减轻过敏引起的各种不适。
二、毛囊炎：个人卫生不良导致细菌侵入，就可能引起毛囊炎，出现以毛囊为中心的红色丘疹，且可能存在皮肤瘙痒情况。可遵医嘱外用药物治疗，如红霉素软膏、莫匹罗星软膏等。
1.红霉素软膏：具有抗菌消炎作用。
2.莫匹罗星软膏：对毛囊炎有较好疗效。
三、生殖器疱疹：通常由疱疹病毒感染所致，会使生殖器周围出现透明水泡，伴有疼痛或瘙痒。这时需要口服抗病毒药物，如伐昔洛韦、阿昔洛韦等。
1.伐昔洛韦：是常用的抗病毒药。
2.阿昔洛韦：对生殖器疱疹病毒有抑制作用。
此外，也可能是受到摩擦或者阴茎珍珠疹等原因导致，可到医院做进一步检查诊断以明确。总之，当发现包皮内有小水泡时，应及时就医，明确原因后进行针对性治疗。