包皮里面长小水泡的原因可能包括皮肤过敏、毛囊炎、生殖器疱疹等。
一、皮肤过敏：若包皮经常受到摩擦或其他刺激，就可能引发过敏反应，从而导致局部出现丘疹或丘疱疹，同时往往伴有瘙痒症状。针对这种情况，可在医生指导下口服抗组胺药物进行治疗，比如盐酸西地嗪片、氯雷他定片等。
二、毛囊炎：这可能是由于个人卫生不佳，致使细菌侵入所引起，会出现以毛囊为中心的红色丘疹，也可能存在皮肤瘙痒。此时可依据医生建议外用红霉素软膏或莫匹罗星软膏等药物来处理。
三、生殖器疱疹：通常是由疱疹病毒感染导致，会使生殖器周围出现透明水泡，且伴有疼痛或瘙痒感。需要口服抗病毒药物，如伐昔洛韦或阿昔洛韦等。
此外，也有可能是受到摩擦或是阴茎珍珠疹等原因造成，如有必要可到医院做进一步检查以明确诊断。
总之，当发现包皮内有小水泡时，要及时关注并就医，明确具体原因后采取针对性的治疗措施。