交叉性瘫痪病变部位主要在脑干。脑干是连接大脑和脊髓的重要结构，其中动眼神经核等部位受损易导致交叉性瘫痪。
一、中脑病变引起的交叉性瘫痪
中脑病变时，若动眼神经核或其纤维受损，会出现同侧动眼神经支配的眼肌麻痹，如眼睑下垂、眼球外斜等，同时伴有对侧肢体的运动障碍。这是因为中脑内动眼神经核团与对侧锥体束纤维相互联系，病变破坏这种联系就会引发相应表现。
二、脑桥病变导致的交叉性瘫痪
脑桥病变时，若一侧脑桥基底部与对侧皮质脊髓束交叉部位受损，会出现同侧面部肌肉瘫痪，对侧肢体瘫痪的情况。例如，脑桥病变可能影响到支配面部的神经核以及传导肢体运动的纤维束，从而造成这种交叉性的运动功能障碍表现。
三、延髓病变引发的交叉性瘫痪
延髓病变时，若病变累及同侧的舌下神经核及对侧的锥体束，会出现同侧舌肌瘫痪（表现为伸舌偏向患侧），对侧肢体瘫痪的交叉性瘫痪症状。延髓内不同神经核团和传导束的位置关系决定了病变时会出现这样特定的交叉性表现，是由于神经纤维在延髓内的走行和联系特点所导致的。