肠神经功能紊乱的药物治疗需根据具体症状来选择。一般来说，调节胃肠动力的药物可能会用到，比如多潘立酮等，不过具体用药要遵医嘱。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状。但需注意，1岁以下婴儿由于其血 - 脑屏障发育不完善，使用时要谨慎，可能会有神经系统副作用风险。莫沙必利： 可促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善消化不良等症状。不过，对于严重肾功能不全的患者，要在医生评估下使用，因为可能会影响药物代谢。
调节神经功能类药物
谷维素： 它可以调节植物神经功能，改善精神神经失调症状。一般成人常用量是一次10 - 30毫克，一日3次。但对于孕妇和哺乳期女性，使用前最好咨询医生，看是否适合使用。维生素B1： 参与神经组织中糖代谢等过程，对维持神经正常功能有重要作用。一般来说，成人常规剂量是一次5 - 10毫克，一日3次。但如果是患有糖尿病的患者，使用维生素B1时要注意可能影响血糖监测等情况，需告知医生自己的病情。
对症治疗药物
抑酸剂： 若患者伴有胃酸分泌过多，出现反酸、烧心等症状，可能会用到抑酸剂，如奥美拉唑。奥美拉唑可以抑制胃酸分泌，一般一次20毫克，一日1 - 2次。不过，长期使用奥美拉唑可能会影响钙的吸收，对于老年患者要注意监测骨密度等情况。止泻或通便药物： 如果患者出现腹泻症状，可能会用到蒙脱石散等止泻药；若出现便秘症状，可能会用到乳果糖等通便药物。蒙脱石散一般成人一次1袋（3克），一日3次，对于儿童腹泻也可使用，但要注意按儿童剂量调整。乳果糖用于便秘时，成人起始剂量一次15 - 30毫升，一日1次，而对于儿童便秘，剂量要根据年龄等因素调整，需在医生指导下使用。