儿童软疣最佳治疗方法需根据具体情况选择，一般来说，局部治疗较为常用。
局部治疗方法
刮除术： 这是比较常用的方法，由医生用消毒后的镊子将软疣小体夹破，挤出内容物，然后外涂2%碘酊，起到杀菌预防感染的作用。通常操作比较迅速，几分钟就能完成一个部位的处理。冷冻治疗： 利用低温液氮使软疣组织坏死脱落。冷冻时可能会有轻微疼痛，一般1 - 2周左右疣体可脱落。对于较大的软疣可能需要多次冷冻。
药物辅助治疗
斑蝥素： 可以涂在软疣表面，能引起局部炎症反应，促使疣体脱落，但使用时要注意避免接触正常皮肤，以免造成损伤。三氯醋酸： 具有腐蚀性，涂抹后可使疣体坏死。不过使用时要精准，防止周围正常皮肤被腐蚀。
日常护理要点
保持皮肤清洁： 儿童要勤洗澡，保持皮肤干净，避免搔抓疣体，防止自身接种传染，导致疣体增多。洗澡时水温不宜过高，以免刺激皮肤。衣物床单消毒： 儿童的衣物、床单等要经常清洗消毒，可通过高温烫洗或者阳光暴晒来杀死可能残留的病毒，减少再次感染的机会。高温烫洗时水温最好在60℃以上持续10分钟左右能有效杀毒。增强免疫力： 让儿童保证充足的睡眠，一般学龄前儿童每天需要睡眠11 - 13小时，学龄儿童9 - 11小时，同时合理饮食，多吃富含维生素和蛋白质的食物，如新鲜蔬菜、水果、牛奶、鸡蛋等，有助于提高身体免疫力，促进软疣的恢复。