新生儿眼底筛查一般情况下不会有危害，但操作不当可能引发多种问题，包括眼睑损伤、结膜炎、结膜出血等，需咨询医生详细了解。具体如下：
一、眼睑损伤：
眼底筛查主要用于查看新生儿视网膜发育状况。检查中常使用扩眼器，若操作不规范，就可能导致眼睑受损。所以在检查过程中，必须保证操作规范且动作轻柔，以预防该症状出现。
二、结膜炎：
新生儿出生后机体免疫力相对较低，而眼底检查属于侵入性操作。若未注意无菌操作，就可能引发结膜感染。此时可在医生指导下使用红霉素眼膏、注射用头孢唑林钠注射液等药物。
三、结膜出血：
进行眼底检查时需进行表面麻醉，若在麻醉过程中操作不当，可能致使结膜出血。为此，操作时要格外轻柔，并且在操作结束后应使用眼药水进行治疗，以防出现异常情况。
此外，还可能导致视网膜病变等情况，应选择合适方法进行缓解。
总之，新生儿眼底筛查需注意操作规范，以尽量避免出现不良影响。