自然流产是指妊娠不足28周、胎儿体重不足1000g而终止妊娠的情况，导致自然流产的原因有多种。
染色体异常因素
胚胎染色体异常：大约50% - 60%的早期自然流产是由于胚胎染色体异常引起的。这种异常可能是父母遗传而来，也可能是胚胎在发育过程中受到各种因素影响导致的突变。例如，父母一方如果存在平衡易位等染色体结构异常，就可能传递给胚胎，增加流产风险。父母染色体异常：若父母双方有染色体数目或结构异常，也会影响胚胎发育，进而引发自然流产。比如父亲的精子染色体异常或者母亲的卵子染色体异常，都可能使受精卵染色体异常，无法正常发育。
母体因素
内分泌失调：女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全是常见的原因之一，女性黄体期分泌孕酮不足，或者黄体过早衰退，就会影响子宫内膜的蜕膜化，不利于胚胎着床和发育，导致流产。一般来说，黄体期孕酮水平低于正常范围时，流产风险会增加。另外，甲状腺功能异常也会影响流产，甲状腺功能减退或亢进都可能干扰妊娠的正常进程。子宫异常：子宫的形态和结构异常会影响胚胎着床和发育。如子宫畸形，像纵隔子宫、双角子宫等，会使子宫腔形态异常，影响胚胎的种植和生长空间；子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会改变宫腔内环境，阻碍胚胎发育，增加流产几率。
免疫因素
自身免疫性疾病：某些自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮等，患者体内存在自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎，导致流产。自身免疫性疾病患者体内的异常免疫反应会破坏胎盘的正常结构和功能，影响胚胎的血液供应和营养物质传递。同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受不足也会引发流产。正常妊娠时，母体免疫系统对胚胎产生的抗原处于耐受状态，若这种耐受机制失衡，母体免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，从而导致流产。
环境因素
化学物质接触：孕妇接触过多的有毒化学物质，如苯、甲醛、农药等，可能会影响胚胎发育，增加自然流产的风险。例如，长期处于含有高浓度化学物质的工作环境或生活环境中，胚胎受到这些化学物质的侵害，细胞的正常分裂和发育受到干扰。辐射暴露：孕妇受到过量的辐射，如X射线、放射性物质等，也可能导致自然流产。辐射会损伤胚胎的细胞DNA，影响胚胎的正常生长和发育，增加流产发生的可能性。