肾病综合征的病因较为复杂，原发性肾病综合征主要与自身免疫紊乱有关，约80%是由肾小球滤过膜的屏障功能受损导致，比如微小病变型肾病，多见于儿童，约占儿童原发性肾病综合征的80%~90%；而膜性肾病则多见于中老年人，是成人原发性肾病综合征的常见类型。
继发性肾病综合征的常见病因
感染因素： 细菌感染可能引发肾病综合征，比如链球菌感染后肾炎，一般在链球菌感染后1~3周出现肾病综合征表现。病毒感染也有影响，乙型肝炎病毒相关的肾炎可导致肾病综合征，据统计，约10%的乙型肝炎患者会出现肾损害相关的肾病综合征表现。系统性疾病： 系统性红斑狼疮是常见的引发继发性肾病综合征的系统性疾病，多见于育龄女性，患者除了有面部红斑、关节痛等表现外，还会出现蛋白尿等肾病综合征的症状。糖尿病也是一个重要因素，糖尿病病程10年以上的患者中，约有30%会发展为肾病综合征，表现为大量蛋白尿、水肿等。药物或中毒： 某些药物也可能诱发肾病综合征，比如含金制剂、青霉胺等药物，长期服用这些药物可能损伤肾脏引发肾病综合征。另外，蜂蛰、蛇毒等中毒情况也可能导致肾脏受损出现肾病综合征表现。
遗传性肾病相关因素
先天性肾病综合征： 芬兰型先天性肾病综合征较为常见，是一种常染色体隐性遗传性疾病，多在婴儿出生后3个月内发病，表现为大量蛋白尿、低蛋白血症等肾病综合征的典型表现。家族性肾病： 一些家族性的肾病也可能以肾病综合征为表现，比如遗传性进行性肾炎，除了有血尿、肾功能进行性减退外，部分患者也会出现肾病综合征的情况，且有一定的家族遗传倾向。
其他可能因素
过敏因素： 过敏性紫癜性肾炎也可导致肾病综合征，多见于儿童及青少年，患者在出现皮肤紫癜的同时，可伴有蛋白尿、血尿等肾病综合征表现，是由于过敏性紫癜引起的肾脏免疫损伤所致。恶性肿瘤： 某些恶性肿瘤也可能引发肾病综合征，比如肺癌、胃癌等实体肿瘤，肿瘤细胞产生的某些物质可引起机体的免疫反应，导致肾脏受损出现肾病综合征症状，不过这种情况相对较少见。