肛窦炎可选用的药物有抗生素类、局部外用药等。一般来说，抗生素类药物常被用于肛窦炎的治疗。比如口服的头孢类抗生素等，能起到抗炎的作用。
抗生素类药物
口服抗生素： 对于细菌感染引起的肛窦炎，常用的口服抗生素有头孢类抗生素，如头孢克肟等。这类药物可以通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥杀菌作用，从而减轻肛窦的炎症反应。不过，使用前需要确认患者对头孢类药物不过敏。静脉用抗生素： 如果肛窦炎病情较为严重，出现明显的发热、感染扩散等情况，可能会静脉使用抗生素，像头孢曲松钠等。通过静脉给药能使药物更快达到有效的血药浓度，迅速控制感染。
局部外用药
栓剂： 有肛泰栓等，将栓剂塞入肛门内，药物可以直接作用于肛窦部位，起到消肿、止痛、消炎的作用。使用时要注意正确的塞入方法，避免损伤直肠黏膜。软膏： 比如马应龙麝香痔疮膏等，可涂抹在肛门周围，能缓解肛窦炎引起的疼痛、瘙痒等症状。涂抹时要轻轻按摩，帮助药物吸收。
中药类药物
中药坐浴： 一些中药方剂煎水后坐浴也可用于肛窦炎的辅助治疗，比如用黄柏、苦参、蒲公英等中药煎水坐浴，具有清热解毒、消肿止痛的功效。一般每天坐浴1 - 2次，每次15 - 20分钟左右。但坐浴时要注意水温适宜，避免烫伤。中药栓剂： 还有一些中药制成的栓剂，如九华栓等，同样可以起到清热利湿、消肿止痛的作用，对肛窦炎有一定的治疗效果。在使用药物治疗肛窦炎时，需要注意遵循医生的指导，根据病情的严重程度选择合适的药物。同时，在用药过程中要注意观察药物的不良反应，如果出现过敏等不适情况应及时停药并就医。另外，除了药物治疗，患者还需要注意保持肛门局部的清洁卫生，避免食用辛辣、刺激性食物等，以促进病情的恢复。